Phòng thí nghiệm vi sinh là phòng chuyên phân tích các chỉ tiêu vi sinh chỉ thị, vi sinh gây bệnh và vi sinh có lợi,  trong thực phẩm, thủy sản, sản phẩm thủy sản, nông sản thực phẩm, thức ăn chăn nuôi, thủy sản, dược phẩm, phân bón…